O Programa de Mestrado em Economia da Universidade Federal de Sergipe surgiu dando continuidade do trabalho de capacitação iniciado pelos cursos de especialização ofertados pelo NUPEC desde 1998. Tais cursos reuniram e sistematizaram os esforços empreendidos pelo corpo docente do Departamento de Economia da Universidade Federal de Sergipe, em suas atividades de pesquisa, elaboração de projetos, publicação, ensino e atuação em programas de extensão. Tais atividades caracterizaram o então Núcleo de Pós-Graduação e Pesquisa em Economia (cuja sigla "NUPEC" permanece até hoje como nome fantasia), que surgiu em 26 de setembro de 2005, voltado prioritariamente para a problemática do Desenvolvimento Regional e Local.

Atualmente o Nupec está expandindo suas atividades e articulando-se insterinstitucional e interdisciplinarmente com outros Programas e organizações civís e públicas, dentro e fora do estado, inclusive do exterior. Nesse sentido, o Nupec potencializa a rede de conhecimentos da qual faz parte, contribuindo diretamente para a compreensão e aperfeiçoamento do ambiente de negócios e políticas, através de sua equipe e da capacitação dos agentes dos setores público e privado, levando em consideração os recentes condicionantes da economia nacional e internacional. Além de responder às necessidades de estudos de desenvolvimento regional, o Programa de Pós-Graduação em Economia se coloca como um importante instrumento de suporte para os programas e projetos de desenvolvimento das microrregiões, para a ampliação do potencial de pesquisas sobre tecnologia e para a capacitação de gestores públicos e privados interessados em atuar em empreendimentos locais.